Según su autobiografía, adquirió la mayor parte de su fortuna por medio de méritos propios, ya que trabajó desde los 19 años. En la actualidad maneja más de 110 empresas en todo el mundo, muchas de ellas localizadas en jurisdicciones reconocidas como paraísos fiscales.4 Cuando falleció su padre, heredó el 1% del equivalente a su fortuna actual. En 1997 con el 25.1% de las acciones del negocio bananero, adquirió otro 25% del paquete accionario y asumió el control de Fruit Shippers Ltd., la compañía que administra el negocio familiar. Luego una batalla legal con sus hermanos tuvo lugar por el control de la compañía.5 Noboa ganó el juicio legítimamente.6 Actualmente, como empresario Álvaro Noboa controla el Grupo de Empresas Noboa y la Corporación Noboa, con más de 110 compañías en Ecuador y alrededor del mundo, incluidas oficinas en Estados Unidos, Ameberes, Roma, Japón, Argentina y Nueva Zelanda. Como empresario, siempre en busca de nuevas oportunidades de negocio y preocupado por la situación económica de su país, Álvaro Noboa anuncia en octubre del 2009 su decisión de buscar nuevos mercados internacionales para sus productos, organizando reuniones con inversionistas extranjeros para realizar nuevos negocios.7 Su empresa más importante en Ecuador, Exportadora Bananera Noboa, enfrenta (Feb.-2011) una glosa por USD$ 90’000.000 en impuestos a pagar, impuesta por el Servicio de Rentas Internas del Ecuador (SRI) por exportaciones de unos 40 millones de cajas de banano a realizadas a compañías en Bermuda en el año 2005.8 El negocio de banano en el Ecuador está regulado por el gobierno que establece el precio del banano que se paga al productor, los gastos de exportación y el precio referencial FOB. .9 A pesar de los problemas que afronta, los representantes de Bananera Noboa afirman que la empresa "no está en quiebra".10
Es el líder del Partido Renovador Institucional de Acción Nacional, originalmente "Partido Renovador Institucional Álvaro Noboa" (PRIAN), un partido populista que él mismo fundó tras separarse del también populista Partido Roldosista Ecuatoriano, que lo apoyó en su primera campaña, por iniciativa del líder de dicho partido, Abdalá Bucaram(PRE). Fue candidato presidencial por el PRE en 1998 y por el PRIAN en los años 2002 y 2006. Ha estado a punto de alcanzar la presidencia del Ecuador por elección democrática, se estima sin embargo, que su pobre retórica y oratoria así como su escasa habilidad para establecer programas claros más allá de la dádiva gratuita, han sido cruciales, para privar electoralmente a este país, de un hombre con una gran visión y potencial de Estadista pragmático, ecléctico y emprendedor, alejado de fundamentalismos ideológicos que desalientan los emprendimientos privados.
Ha sido objeto de múltiples denuncias y demandas de tipo tributario (pesa sobre su compañía bananera, en firme, una deuda por decenas de millones de dólares), laboral y personal que han sido ideadas, según expresa, por sus adversarios políticos y empresarios con poder e influencia dentro del país. En Julio del 2009 emite un comunicado público en el que califica de "viles infamias" todos los intentos fallidos por desacreditarlo como político y empresario. En una nueva etapa de su vida, en el año 2006 incursiona en el ámbito cultural, auspiciando la creación e inauguración del Museo de Arte Luis A. Noboa Naranjo, creado como un tributo a la memoria de su padre y con el objetivo de compartir su colección privada de arte con los ciudadanos del país y del extranjero que visiten la ciudad de Guayaquil y a la vez también, promover e impulsar el talento y la creatividad de artistas locales.